Leta 1782 so ustanavljali primskovsko kaplanijo. Hoteli so imeti tam stalnega kaplana; pripravljeni so mu bili zgraditi tudi stanovanje. Pod kaplanijo naj bi spadale vasi: Primskovo, Gorenje, Klanec, Rupa in Čirče iz preddvorske fare, ter Huje iz šenčurske fare. Želji domačinov ni bilo ugodeno. Določeno pa je bilo, da se priključijo Primskovo, Gorenje, Klanec in Čirče kranjski fari, Rupa pa Predosljam. Rupovčani s takim sklepom niso bili zadovoljni in so se pritožili.

Kdaj je bila na Rupi zgrajena cerkev ni poznano, omenjena je že leta 1483. Prav tako ni poznano, ali je bila pred sedanjo tam že katera druga. Cerkev je pripadala preddvorski fari. Da je zelo stara, spričuje gotski prezbiterij.

Cerkev je posvečena sv. Mariji Magdaleni. Svetnica nam je dobro poznana iz Svetega pisma. V velikem oltarju cerkve na Rupi je Layerjeva slika Marije Magdalene, na levi oltar sv. Jerneja in na desni sv. Antona Padovanskega.

Cerkev je bila temeljito obnovljena v letih 1836-1838. Proti volji kranjskega mestnega predstojništva kot odvetnika cerkve je smela soseska na Rupi postaviti dva nova stranska oltarja, ki ju je izdelal Josip Egartner. Oltarje je prenovil leta 1892 Štefan Čadež iz Dupelj.

Pokopališče na Rupi je staro kot cerkev. Iz podatkov je razvidno, da so prebivalci Kokrice, Mlake, Srakovelj, Ilovke, Tatinca pokopavali svojce vse do leta 1787 na Rupo. Po tem času, ko se je razcepila velika preddvorska župnija, pa so pokopavali na Suho pri Predosljah, dokler ni bilo urejeno pokopališče ob cerkvi v Predosljah. 

Kasneje je Rupa pripadla kranjski župniji. Od l. 1991 pa pripada novoustanovljeni župniji Kranj Zlato polje. V letih 1992-1994 je bila obnovljena zunanjščina cerkve.

Do dograditve zlatopoljske cerkve je bila ena nedeljska maša na Rupi. Odtlej pa so tam svete maše: ob prošnjih dnevih, za praznik sv. Rešnjega telesa (s procesijo), na nedeljo po godu sv. Magdalene (semenj), na dan vernih duš.